Johann Hinterseer trat im August 1966 in die Bundesgendarmerie ein, besuchte bis 1968 die Gendarmerieschule auf der Festung Hohenwerfen und war zunächst dem Gendarmerieposten in Anif zugeteilt. Im Mai 1969wurde er zum Gendarm in Definitivstellung ernannt und war bis 1972 dem Gendarmerieposten in Golling zugeteilt. 1972 kam er als Patrouillenleiter zum Gendarmerieposten in Werfen, war 1979 bis 1981 als Revierinspektor für die Außenstelle Anif der Verkehrsabteilung zuständig und war 1981bis 1987 Wirtschaftsbeamter und Lehrer auf der Gendarmerieschule Werfen. Vom Oktober 1987 bis zu seiner Pensionierung am 1. Juli 2005 war er beim Landesgendarmeriekommando Salzburg tätig, wurde 1991 zum Gruppeninspektor, 1997 zum Kontrollinspektor und 2000 zum Chefinspektor ernannt.

Johann Hinterseer trat nach Ableistung seines Präsenzdienstes 1965 dem Kameradschaftsbund Maria Alm bei und wurde wegen seiner beruflichen Versetzung 1975 zum Kameradschaftsbund Werfen überstellt.

Dort engagierte er sich seit 1979 im Vorstand, wurde 1987 Obmann-Stellvertreter und 1997 bis 2013 Obmann des Kameradschaftsbundes Werfen. Seither ist er sein Ehrenobmann.

Im April 2015 wurde Hinterseer zum Ehrenmitglied des Salzburger Kameradschaftsbundes ernannt. Er erhielt zahlreiche Auszeichnungen des Kameradschaftsbundes, einschließlich des Großen Ehrenzeichens mit Stern in Gold.

Er ist Träger des Verdienstzeichens der Republik Österreich, des Verdienstzeichens des Landes Salzburg, des Goldenen Ehrenzeichens des Schwarzen Kreuzes und des Ehrenzeichens in Bronze des Roten Kreuzes. In Zusammenarbeit mit dem Bayerischen Soldatenbund wurde ihm das Großkreuz des Bayrischen Soldatenbundes verliehen.

Von 1987 bis 1995 war er zudem Bezirksobmann-Stellvertreter und vom 1995 bis 2013 Bezirksobmann und wurde anschließend zum Ehrenbezirksobmann des Bezirkes Pongau ernannt.

Von 1987 bis 1995 war er als Beirat Mitglied des Landespräsidiums sowie 1995 bis 2013 Vizepräsident des Salzburger Kameradschaftsbundes.